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巴斯德最新研究:法国疫情非中国输入引发 作者 / 周仁爱

  4月28日,巴斯德研究所发布新闻公告,该所已完成“法国输入性与早期传播病毒的朔源分析”相关研究,研究结果于近日以预发表发布在bioRxiv.org网站。

  根据该研究,法国暴发的新冠肺炎疫情并不是由1月份来自中国的输入病例引起的,也并非来自意大利,而是来自一种在当地传播的来源不明毒株。该研究由法国国家呼吸道感染病毒参考中心主任西尔维·范·德维尔和巴斯德研究所RNA病毒进化基因组学负责人埃蒂安·西蒙·洛里埃共同牵头。

  根据巴斯德研究所提供的新闻稿,继去年12月武汉市出现新冠肺炎疾病后,法国于1月10日开始病毒监测,由巴斯德研究所和法国呼吸病毒研究所(NRC)负责启动密切关注流程。

  法国于1月24日发现首例新冠病毒感染者,这也是欧洲首例新冠肺炎患者,另有其他两例中国输入性病人也很快被检测和收治。法国政府迅速采取措施,追踪了这些患者的密切接触者,阻止了病毒的进一步传播。1月份的中国输入病例没有在法国引发局部传播,显示出法国采取预防病毒扩散系列措施的有效性。

  法国采集的新冠病毒样本均储存在国家呼吸病毒研究所,巴斯德研究所RNA病毒进化基因研究组对97份法国病毒样本进行了基因测序与比对。

  样本主要为鼻咽拭子和痰液,采样时间为1月24日至3月24日。法国该阶段确诊病例22302人,死亡1100人,疫情主要流行于法国北部。

  全部样本均采自于有临床症状的确诊患者,同时将籍贯、旅行史、发病时间、病毒载量和采样部位纳入基因比对内容。另有3份来自阿尔及利亚病毒样本。

  根据欧洲精准医疗平台首席科学家鞠丽雅对该溯源研究的解读,图中显示:

  1、取自法国东南部并有意大利旅行史的病毒株(GE1583,B2340)与法国北部的不同,但和意大利北部流行株类似,而且没有在法国流行;

  2、法国首例武汉患者(IDF0372),其单核酸多态性 G22661T是独有的,与法国的所有病毒基因不同;

  3、法国北部地区的代表性病毒基因为 GE1973 (东大地区), IDF2849(大巴黎地区) 和 N2223 (诺曼底地区);

  4、有欧洲旅行史的代表基因为 IDF2792;

  5、3份取自阿尔及利亚的病毒株与法国北部流行株同源。

  巴斯德研究所将法国检测的样本序列与全球共享流感数据倡议组织(GISAID)发布的338份新冠肺炎病毒序列进行比对和溯源分析,并建立病毒进化树图谱。

  对比研究表明,法国流行的新冠病毒和1月发现的中国输入感染病毒并非来自同一毒株,两种病毒来自同一个“祖先”,但属于不同的分支。导致法国本地疫情的主流分支,和来自中国和意大利的输入病例都不相同。

  法国现今流行的病毒样本中,最早一个样本是2月19日从一名患者身上采集的,该患者没有国内外旅行史,也没有和海外归国的旅行者接触过。该患者于2月25日去世,随后法国出现大规模疫情潮。

  鞠丽雅对科技日报记者表示,从图中可以看到:

  来自亚太地区(包括湖北武汉)的病毒株与法国病毒株没有关联;

  来自美国病毒株与法国的关联不大;

  法国北部流行病毒株(不同地区有不同彩色)均出自于同一原始株。

  用通俗的话来解释,法国新冠病毒是一个历史久远的大家族,和中国武汉的病例相隔甚远。

  综合上述结果,巴斯德研究团队提出,由于最有代表性的基因型的最早病例并没有旅行史,意味着早在2月份欧洲疫情爆发之前,已经有病毒在法国和欧洲其他国家“悄然”流行,且大部分是轻症或无症状,因而长时间未被发现。这项工作为法国病毒溯源提供了线索,并强调在无症状病例大量存在的情况下,遏制病毒传播面临挑战。

  巴斯德研究所指出,许多国家的病毒取样工作仍然不完全,因此无法精确估算出法国新冠病毒的来源或输入时间。

  蒂安·西蒙·洛里埃指出,“根据我们的首次观察,法国流行的新冠病毒感染与无症状病例有关。对不同地区的新冠病毒进行测序很重要,以便能更好地了解法国新冠病毒的流行轨迹。”

  科技日报驻法国记者 李宏策 【编辑:苑菁菁】



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